Après un passage éclair au sein du groupe Alpha, où elle a mis fin à sa collaboration en tant que directrice générale et DG de sa filiale Secafi pour des raisons de divergence de vision avec son fondateur Pierre Ferracci, trois mois après avoir rejoint le cabinet spécialisé dans les relations sociales, Nathalie Hanet a été nommée directrice de cabinet de Brigitte Klinkert, ministre déléguée auprès du ministre du Travail, chargée de l’insertion. Elle a été secrétaire générale du réseau Coorace, fédération regroupant plus de 500 entreprises de l’économie sociale et solidaire, de 2003 à 2009, puis a rejoint Pôle emploi avant d’être nommée au sein du cabinet de Michel Sapin en tant que conseillère pour le déploiement des emplois d’avenir. Elle a ensuite rejoint l’Epide (Établissement pour l’insertion dans l’emploi) en tant que directrice générale pendant cinq ans.